服务热线
400-621-6806

周一至周六

8:00-18:00

在线客服
销售支持二维码
 

RT-PCR实验常见问题

2024-01-18 阅读(273)

1. 我想要提高反转录效率,能不能通过延长反转录时间来实现呢?

答:

在反转录实验中,一般情况下,延长时间是不会对反转录效率有显著提升的;但对于具有高GC含量(如GC含量≥60%)或有部分二级结构的RNA模板,适当的延长反转录时间可能会有一定的帮助。

 

2. 判定RNA质量好坏的依据有哪些呢?

答:

(1)RNA的纯度,通过使用紫外微量分光光度计对RNA的纯度、浓度进行检测分析,纯度的评定标准则是根据OD260/280和OD260/230两个比值来决定的,不同的OD值检测出来的数据是不一样的,检测杂质的OD值在230,检测核酸的OD值在260,检测蛋白质的OD值在280;纯净的RNA的OD260/OD280在1.8-2.4之间,OD260/OD230在1.5-2.4之间,若有蛋白残留或有机物污染都会使比值降低。(2)RNA的完整度:对RNA的完整度进行检测鉴定的最直接的方法就是琼脂糖凝胶电泳。

 

3. 我要做反转录PCR,我应该如何选择反转录的引物呢?

答:

常用的引物有三种:(1)随机引物(Random Primer)(2)Oligo d(T)(3)基因特异性引物(GSP)。引物要根据实验的不同目的进行选择,如我们反转录是为了后进行后续qPCR的话,将RNA反转成cDNA要选择能避免避免3’端和5’端的合成偏好性的引物,一般情况下会选择Oligo d(T)和随机引物的混合物,这样可以在一定程度上避免造成实验的误差。

 

4. 进行RT-PCR反应后,进行PCR产率很低是什么原因呢?

答:

很大可能是因为cDNA扩增效率低,可以通过对比PCR反应体系中加入不同浓度的cDNA模板的扩增结果,结果验证时,若出现不是很清晰但又可以看出来的非特异性条带,则说明加入的cDNA模板过量,需要对模板进行稀释,根据预实验的结果摸索合适的cDNA浓度。

 

5. RT-PCR的引物设计有什么要求?

答:

RT-PCR的引物设计要求与PCR 的引物设计要求一致,首先,引物的长度最好在15-30bp之间,过长过短都不利于实验结果,引物中的四种碱基最好占的比例差不多且要避免嘌呤和嘧啶的聚集;引物序列中不应该含有有二级结构,防止有发卡结构和自身折叠的出现。引物的3’端序列要与模板的序列严格互补,不能存在修饰,5’末端碱基可以游离,但最好是G或C,使PCR产物的末端结合稳定。

 

6. RT-PCR的结果不好,怎么可以改进一下呢

答:

首先,使用试剂盒进行反转操作失败的可能性有:RNA的纯度和浓度太低,导致反转录失败;其次是没有严格按照说明书的进行操作。

 

7. PCR反应时,20微升体系中,各组分的量应该怎么确定呢?有无确定标准?

答:

20微升体系指的是这个反应的总体积,只要根据说明书对各组分的量进行添加,都是可以的到理想浓度的cDNA的,如果根据自己的实验情况进行调整,在不明显改变体系的离子浓度下,加1~2微升是可以的,如果说明书写“mg”,那么这个需要调添加cDNA的量。各个成分的量有无确定标准,这可以改变也可以不改变,根据实验所需条件,如果说明书里的条件能跑出来,那没必要改变;跑不出来,我们可以思考一些是不是模板、引物的量是否正确或者退火温度是否合适。